勞資爭議事件時有所聞，有些案件甚至涉及司法判決，南區國稅局表示，雇主如果最後敗訴，一次性補發大量薪資，不僅要辦理扣繳及申報，還必須同時準備一張「補發各年度薪資所得明細表」，供國稅局歸屬所得發生年度。
官員表示，屏東縣潮州稽徵所近期有位林先生，過去和所屬企業發生爭議，由於雇主未依《勞動基準法》規定終止勞動契約，最後經法院判林先生勝訴，判定解僱行為失效，雇主必須一次補發停職期間一切薪資，但是雙方都遇到稅務上的困難。
官員表示，如果因訴訟一次取得好幾年薪資，這些薪資所得都要歸屬於實際補發的年度，雇主作為扣繳義務人，須於給付薪資時，依規定整筆辦理扣繳稅款，並於隔年1月依期限向國稅局申報扣繳憑單；這類案件重點在於雇主還要在補發薪資後，準備一張「補發各年度薪資所得明細表」給這位員工。