◆手工分揀，減少瑕疵豆影響
►►挑豆有利烘焙，還能提升沖煮後的風味
除非是分揀程度極為精細的精品咖啡，否則一般生豆難免會摻雜蟲蛀等缺陷豆，或混入小石子、穀類等異物。這種狀態不佳的咖啡豆，烘焙時顏色的變化也會不一致，如此不僅難以判斷烘焙進度，還會影響風味；精心沖煮的咖啡，只要混入一顆發霉豆或發酵豆，就足以出現惱人的臭味。此外，小石子、砂礫、木片等異物，也會在磨豆時導致磨豆機刀片受損，不可不慎。
為了避免上述風險，買入生豆後一定要手工挑出異物及瑕疵豆。不只是缺陷明顯的瑕疵豆，如果能夠將色澤或形狀不佳的豆子一併去除，就算咖啡豆等級不高，也能夠藉由挑揀篩選大幅提升沖煮後的風味。分揀時，若能留意顆粒大小或豆體厚度的一致性，讓每顆咖啡豆所需的烘焙時間大致相同，烘焙起來也較為容易。
此外，如果烘焙後出現顏色不均的咖啡豆也要挑出來。像是變形豆等瑕疵豆，在烘焙後會比較容易辨識。這樣精挑細選的程序，便是成就一杯完美咖啡的必經之路。
►►手工分揀有效率，訣竅在分揀流程規則化
親手從大量的咖啡豆中挑出瑕疵豆，是一件相當耗時費工的作業。不過，只要抓到訣竅就能夠有效率進行。
挑出生豆中的瑕疵時，建議在無光澤的黑色托盤上攤開豆子。像發酵豆或未熟豆顏色會稍微偏黃，使用深色托盤比較容易辨別出來。至於烘豆後的手工分揀作業，為了容易看出烘焙顏色的差異，同樣把熟豆攤開在鋪了棕色棉布的托盤上，可讓分揀工作更輕鬆。
將咖啡豆攤開後，即可開始挑出瑕疵豆，不過毫無章法的作業方式只會浪費更多時間。讓手工分揀作業更有效率的訣竅，就是先決定作業的優先順序，思考該從哪種瑕疵豆開始挑起。首先，檢查的順序是「顏色→光澤→形狀」。
先剔除「顏色」明顯不同於生豆的異物與黑豆之後，
再來就是沒有「光澤」的死豆、發酵豆以及未熟豆，
最後則是「形狀」奇怪的貝殼豆、蟲蛀豆等瑕疵豆。
關於手工分揀出的瑕疵豆比例，
水洗法處理的生豆中約有十五至三十％、
日曬生豆則會占四十％。
若一開始就能購入瑕疵少的生豆，當然最為理想；
然而瑕疵難以避免，因此要預先估計扣除瑕疵豆後會減少的數量，才能推算必需的購買量。
因為一顆瑕疵豆，導致花費時間與精力沖煮的咖啡毀於一旦，是十分可惜的事；
為了避免遺憾，如果難以判斷是正常還是瑕疵豆時，果斷地挑出來會比較保險。
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